두개안면기형연구소는 성장 및 발육에 관련된 질병 및 기형에 대한 진단과 치료를 위해 1992년 9월 손병화 교수를 초대 소장으로 개소하였다.

현대문명의 발달과 함께 국내외적으로 사회적 관심이 기형의 발생과 치료에 모아지고 있으며, 선진국의 사회복지 및 후생도 이런 취지에서 활발히 연구되고 있으나 국내에서는 기형에 관한 대국민 홍보의 미비와 진료에 대한 환자 및 보호자의 기피, 조직적 진료를 위한 연구소 시설의 부족으로 적절한 대처를 못하고 있는 문제를 해결하고자 창설되었다.

개설된 이후 1992년부터 3년간 학술진흥재단의 지원하에 춘천에 거주하는 6-7세 아동의 성장과 발육에 관한 준종단적 연구를 시작하여 한국인의 두개안면성장발육에 대한 연구의 기틀을 마련하였으며, 1994년 4월 미국 UNC 교정과장인 Dr. Proffit을 초청하여 교정학 강연회를, 1995년 6월에는 미국 코네티컷 대학 교정과 Dr. Burstone을 초청하여 임상교정 특별 연수회를 교실과 주관하여 임상교정과 관련된 강의도 지원하였다.

1999년 2월 제 2회 두개안면골 성장과 발육의 준종단적 연구 심포지움을 개최하여 성장발육에 대한 현주소와 앞으로의 전망에 대해 심도있게 토의하였으며, 2004년 2월 유영규 교수의 퇴임을 기념하여 "교정학의 최신경향"이라는 주제로 심포지움을 주관하였고, 2007년 2월에는 손병화 교수의 퇴임을 기념하여 "성장과 발육"이라는 주제로 성재현, 김경호, 정한성 교수를 초청하여 심포지움을 교실과 함께 주관하였다.

또한 매년 전공의 증례발표를 교실과 함께 주관하여 수련의 교육과 임상수준을 높이기 위해 노력하고 있다.